Politeknik Kaltara secara resmi terbentuk sejak tanggal 24 Juni tahun 2020, dengan diterbitkannya Surat Keputusan Kemendikbud RI No. 592/M/2020 tentang “Izin penggabungan Akademi Keperawatan Kaltara di kota Tarakan dan Akademi Farmasi Kaltara Tarakan di kota Tarakan menjadi Politeknik Kaltara di kota Tarakan Provinsi Kalimantan Utara yang diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan dan Sosial Kaltara”.

Jadi Politeknik Kaltara adalah institusi Pendidikan Tinggi Vokasi yang terbentuk dari 2 (dua) institusi yang sebelumnya telah berjalan, yaitu:

1. Akademi Keperawatan Kaltara

Akademi Keperawatan Kaltara merupan institusi pendidikan tinggi yang dibentuk oleh Yapensos Kaltara dan berdiri berdasarkan SK Mendiknas No 151 / D/ O / 2003 tertanggal 5 September 2003. Akademi Keperawatan Kaltara sejak dibuka hingga berubah bentuk hanya memiliki 1 (satu) program studi, yaitu D-III Keperawatan dengan. Lulusan Akademi Keperawatan Kaltara telah diserap diberbagai tempat fasilitas kesehatan terutama yang berada di wilayah Kalimantan Utara, baik dari institusi swasta maupun negeri.

2. Akademi Farmasi Kaltara Tarakan

Akademi Farmasi Kaltara Tarakan merupan instusi pendidikan tinggi yang dikelola oleh Yapensos Kaltara dengan hanya memiliki 1 (satu) program studi, yaitu D-III Farmasi berdasarkan SK Menristekdikti No 250/KPT/I/2017 tanggal 8 Mei 2017.